ジャワ原人の故地であるジャワ島に隣接し、ドンソン文化の影響を受けた銅鼓が発見されるなど、古くから人が住み稲作を中心に文明が開けていたと推定されるが、4世紀に移動して来たヒンドゥー教に属する人々が来てから大きく発展した。
9世紀頃から独自の王朝を築いていたことが資料から窺えるが、常にジャワ島の政権の影響下にあり、1342年、マジャパヒト王国に侵攻された後はその支配下にあった。16世紀にマジャパヒト王国が、イスラム勢力により衰亡すると、ジャワ島から独立し、ゲルゲル王朝が成立し、東進するイスラム勢力に対抗した。17世紀になると、オランダ東インド会社を始めとしたヨーロッパ勢力の進出が見られたが、これと言った特産品のないバリ島は植民地統治上特に重視されず、各地方の王族の支配下で、バリ人による自治を保った。
19世紀、帝国主義的風潮の下、オランダはバリ島の植民地化を進め、各地の王家を武力により支配下におき、1908年バリ島の名目的支配者であったクルンクン朝を滅ぼし、全土を植民地とした。オランダは、各地の王族を通した間接支配を行い、灌漑・道路等農業設備を整理しアヘンやコーヒーと言った商品作物の栽培を奨励する一方で、奴隷制の廃止、学校の設営、風俗改革（裸身の禁止）等ヨーロッパ的近代化政策も実施した。また、この当時、バリ島の風俗がヨーロッパに紹介され、それに魅せられたヨーロッパの芸術家が来島、現在の観光の目玉である音楽（ガムラン等）、舞踏（レゴン、ケチャ等）、絵画の様式が確立する。
